Стефано Ванни (профессор SNSF в Университете Фрибурга) и его исследовательская группа изучают, как липидные капли накапливают липиды в клетках. Ученые запускают моделирование крупнозернистой молекулярной динамики — где химические группы представлены отдельными бусинами для упрощения представления сложных систем — на суперкомпьютере CSCS «Piz Daint», чтобы лучше понять механизмы, участвующие в хранении липидов на молекулярном уровне. Результаты их исследований липидного обмена были недавно опубликованы в журналах eLife и Proceedings of the National Academy of Sciences .
В первом исследовании они исследовали, как образуются липидные капли. Как было известно из предыдущих исследований, капли образуются после накопления жира между двумя листочками мембраны эндоплазматического ретикулума , другой органеллы клетки. Эндоплазматическая сеть расширяется по всему объему клетки и, среди прочего, играет важную роль в метаболизме липидов. Однако до сих пор неясно, как именно образование липидных капель связано с эндоплазматическим ретикулумом и как этот процесс регулируется.
«Одна из трудностей при моделировании липидных капель заключается в их величине: с размером от 50 до 100 нанометров они являются большими объектами по сравнению с отдельными белками», — говорит Ванни. Это означает, что для их моделирования требуются очень большие вычислительные ресурсы, но, в свою очередь, полученные результаты можно напрямую сравнивать с наблюдениями за органеллами in vivo под микроскопом. Поэтому ученые сравнили свои выводы из моделирования того, как образуются липидные капли, с результатами экспериментальной исследовательской группы, также базирующейся в Университете Фрибурга. В частности, экспериментальная группа исследовала влияние модификации гена на образование липидных капель в дрожжевых клетках, наблюдаемое in vivo с помощью флуоресцентной микроскопии.
Источник — 1nsk.ru.